Еще в мае 2000 года в целях обеспечения реализации Президентом Российской Федерации своих конституционных полномочий, повышения эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и совершенствования системы контроля за исполнением их решений был подписан Указ Президента РФ N 849 "О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе». Последние изменения в данный документ внесены 07.09.2010 (N 1099).
На основании этого нормативного акта институт полномочных представителей Президента Российской Федерации в регионах Российской Федерации был преобразован в институт полномочных представителей Президента Российской Федерации в федеральных округах.